不乾淨的麻辣小龍蝦會導致腹瀉、中毒等。小龍蝦生長環境比較環境較惡劣，一般生長在溝裏面，身體裏含有許多的細菌、寄生蟲，然而做龍蝦的時候有些商家並沒有把小龍蝦的體內的髒東西全部放出來，就下鍋了。這樣對身體一點好處也沒有，除了過過嘴癮，拉肚子什麼的都是比較輕的了。更甚者有一些黑心商人爲了縮短龍蝦的養殖週期，會加入一些化學鉛和一些別的有害物質。所以，吃麻辣小龍蝦還是要慎重，乾淨是最重要的。
小龍蝦是一種高蛋白食物，蛋白質攝入過量會出現異種蛋白反應，就可能造成全身過敏，出現紅色的風疹團。麻辣小龍蝦吃多了對胃部造成負擔。小龍蝦，雖然含有豐富的蛋白質，具有補腎滋陰壯陽的功效，但是如果吃多了的話，對身體只有壞處，沒有好處，尤其會對胃部，造成巨大的負擔。
小龍蝦是肺吸蟲的第二中間宿主，在烹飪時若未煮熟煮透，或採用烤、炒、醃、醉等形式烹飪，人食用後就有可能感染肺吸蟲病，容易造成“橫紋肌溶解症”。一般來講，小龍蝦和蟹這類動物都攜帶肺吸蟲，而且用烤、炒或者醃的方法不能保證將肺吸蟲的幼蟲殺死。所以，吃小龍蝦一定要煮熟煮透才行。不熟透的麻辣小龍蝦可是會攜帶疾病的。
麻辣小龍蝦如果燒煮時間短，細菌未被完全殺滅，極有可能造成食物中毒。由於市場需求量大，目前的小龍蝦基本都從外地購進，在夏季高溫氣候下再經過長途運輸，死亡的小龍蝦不在少數，個別飯店甚至將死龍蝦用油炸過後出售。由於小龍蝦體內含大量組氨酸，一旦小龍蝦死亡，組氨酸會轉化爲有毒物質。雖然少量食用不會馬上引起中毒，但日積月累會因爲毒素積累引發疾病。
1、麻辣小龍蝦不能吃頭。小龍蝦體內含有大量細菌和寄生蟲，同時含有大量重金屬物質，但是基本都在頭部內。所以食用時一定要去頭!切不可貪圖省錢將頭部一併食用。鑑於大部分飯店爲了省事出售的小龍蝦基本都是含頭的，那麼食用時一定要將頭部摘除掉不可食用。
2、麻辣小龍蝦蝦線必須要除去。蝦線一定要去除，這個部位是僅次於頭部第二髒的地方。很多飯店也是爲了省事並沒有去除蝦線，因此建議大家儘可能的要買回家來自己做着吃。
3、麻辣小龍蝦一定要煮熟。小龍蝦烹飪時間要足夠，不能小於20分鐘。外面的商家爲了節省燃料費用和時間成本，很多的烹飪時間是不夠的，這是有衛生安全隱患的。因此自己在家做麻辣小龍蝦一定要煮熟了才吃。
4、麻辣小龍蝦忌與某些水果同吃。小龍蝦含有比較豐富的蛋白質和鈣等營養物質。如果把它們與含有鞣酸的水果，如葡萄、石榴、山楂、柿子等同食，不僅會降低蛋白質的營養價值，而且鞣酸和鈣離子結合形成不溶性結合物刺激腸胃，引起人體不適，出現嘔吐、頭暈、噁心和腹痛腹瀉等症狀。
