1、影響睡眠
可可中所含的咖啡因 (caffeine )與可可鹼(Theobromine)若是服用過多，可能導致胃灼熱(Heartburn)、失眠、心律失常的副作用，也可能干擾某些精神用藥的作用(如單胺氧化酶抑制劑MAO inhibitors)
2、引起偏頭痛
可可當中的部分胺基酸(酪胺、苯乙胺)被視爲是可能造成偏頭痛的化學物質，但就目前的研究，尚無大型且證據充足的研究能證實服用黑巧克力/可可會成偏頭痛，因此無須過度擔心
3、影響食慾和吸收
很多人喜歡在早晨或者飯前吃巧克力，殊不知這是非常不好的習慣，巧克力很容易讓人產生飽腹感，而且吃過巧克力之後，再去吃飯的話，還會導致不吸收，嚴重的還有可能會有腹瀉的症狀。
4、引發經期紊亂
不少女性都有月經期綜合徵，研究證明儘管巧克力會讓人產生短暫的“美好幻覺”，但女性在經期食用過多的巧克力會加重經期煩躁和乳房疼痛。
5、導致營養不良
單純只吃黑巧克力減肥以至於代替了正餐，會使體內缺乏相應的營養元素，導致營養不良。減肥很重要的一項就是營養均衡，如果不遵循反倒會不利於減肥瘦身。
6、發胖
巧克力是一種能量密度很大的食物，黑巧克力中鈉和糖的含量儘管低於牛奶巧克力、白巧克力，但脂肪含量(尤其是飽和脂肪的含量)還是比較高的。
每天吃一些黑巧克力並不會讓你增肥，且可以很好的控制食慾，但吃多了還是會發胖的，尤其是吃加工後添加糖、油脂、全脂奶等成分的黑巧克力。
1、容易胃灼熱的人
造成胃灼熱感的主要原因是刺激性物質從胃逆流到食道。 巧克力含的咖啡因、可可鹼、茶鹼及脂肪會讓食道和胃之間，負責把關工作的賁門變得鬆弛，失去阻隔食物逆流的功能，而造成胃灼熱。因此，長期有胃灼熱困擾、胃食道逆流的人，還是儘量遠離巧克力。
2、懷孕及哺乳婦女
巧克力中的咖啡因會經由胎盤及母乳傳給胎兒、嬰兒，懷孕或哺乳的媽媽若攝取超過300毫克咖啡因，可能會影響胎兒或嬰兒腦部發育，要特別留意! 3.容易頭痛的人 巧克力內含的酪胺是引發頭痛的罪魁禍首。容易頭痛的人最好少吃各種巧克力製品(包括巧克力冰淇淋、餅乾等)。
4、8歲以下孩童
8歲以下的孩童對咖啡因代謝較速度慢，吃了含咖啡因的巧克力，可能會過度亢奮晚上不易入睡。且巧克力所含的脂肪及糖分，並不是孩童生長髮育的必要來源，吃多了容易肥胖。
5、叄高患者、肥胖者
其實黑巧克力的熱量並不低!其中的可可脂仍有脂肪，而1公克的脂肪可產生9卡熱量，因此，反而可可脂含量越高，也就是越純的黑巧克力，熱量相對也高，不建議叄高患者及肥胖者食用。
