胚胎髮育期，消化管來自內、中胚層。內胚層構成黏膜下上皮，中胚層構成肌層。當胚胎3～4周時，胃爲食管擴張的梭形部分，胚胎5～6周時，胃左端開始有中胚層環肌的始基，起始於食管下端。胚胎6～7周時漸漸向胃大彎及胃底部發展。至胚胎9周時，胃的斜肌纖維可由環肌發展，最後形成縱肌。直至胚胎4個月時，發育仍不完善，但是胚胎後期縱肌發育較快，特別是胃底部，斜肌發育較慢，故在降生後賁門下胃壁仍很薄弱。如發育期發生障礙，即可形成肌層的缺損。
當胃壁肌層缺損時，胃收縮的拉力不均勻，可造成胃的破裂。
有些學者認爲胃生成過程中，賁門部大彎部的過分擴張(如小兒吞氣後)，使胃內壓增加，肌層因此發生斷裂而至穿孔。
胃壁肌層缺損最常見於胃底部和大彎側。Kneisil提出，這是正常肌層發育尚未完全的薄弱間隙，這種小塊狀肌層薄弱區很可能是正常新生兒胃壁肌層尚未發育完全，在肌束之間有的交織間隙。這是正常發育過程，但在生後不久很快地繼續發育完善，這些間隙也隨之消失。
還有很多作者不同意胃腸道肌層變薄是一種先天性畸形，相反認爲可能是胃腸壁局部缺血的結果。他們提出局部缺血是引起穿孔的常見病因。當窒息、低氧血癥、難產和出血等情況下，機體血流代償性重新分佈，使胃腸道，腎和周圍血管牀血液供應減少而保證心臟和腦血液供應。如果這個代償保護局部反應過強，可產生胃腸道局部缺血導致穿孔。
誘發因素
出生前後窒息致胃壁局部缺血，血運障礙，使黏膜肌層缺損；生長抑素及胃泌素增高，胃動素下降，影響胃蠕動，使胃擴張、胃酸度過度增高，過早開奶等，均會繼發胃內壓升高導致破裂。
胃破裂多見於胃大彎，破裂處胃壁壞死缺損，表現爲線性破裂或漿肌層撕裂，且有黏膜下撕裂。破裂處邊緣整齊，但有不規則的壞死區，周圍胃壁漸漸變薄，破裂處肌層斷裂，斜肌及縱肌缺如，剩有黏膜、黏膜下層及漿肌層構成胃壁。偶可見到炎性細胞浸潤。
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