1.寶寶出現有腸道菌羣失調的情況，治療方法主要就是應用一些調理胃腸功能紊亂的益生菌等進行治療，比方說應用一些合生元或者是媽咪愛等進行調理。
2.注意不要應用抗菌藥物，必須有細菌感染的情況下才可以應用抗菌藥物，同時抗菌藥物不要應用時間過久，避免腸道菌羣失調情況的發生。
3.飲食上也要注意，不要吃任何酸辣刺激性的食物，也不要吃太涼的食物，平時注意肚子的保暖。
全身支援治療
對施行大手術患者，手術前注意補充營養，亦可肌注丙種球蛋白以提高機體免疫機能。也可試用注射轉移因子，免疫核糖核酸、胸腺素等。
病因治療
如由於巨結腸，膽囊炎引起的腸球菌過度繁殖;維生素缺乏造成的腸球菌減少或消失;小腸蠕動過快而引起的酵母菌過多等，都必須先除去病因，然後再扶持正常菌羣。
調整菌羣治療
1.飲食調整
發酵性腹瀉應限制碳水化合物;腐敗性腹瀉應限制蛋白質的攝入。增強腸黏膜的局部防禦屏障功能，防止細菌易位，應增加纖維食物。
2.抗菌藥物
立即停止原抗生素，應根據菌羣分析以及抗菌藥物敏感試驗，選用合適的抗生素以及抑制過度繁殖的細菌，從而間接扶植腸道繁殖不足的細菌。此外還可採用廣譜抗菌藥物將腸道細菌大部分消滅，然後再灌入正常腸道菌羣的菌液以使其恢復。
3.益生菌製劑
目前常用的益生菌製劑有嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳桿菌、芽胞乳桿菌、雙歧桿菌、糞鏈球菌、大腸桿菌、糞桿菌和枯草桿菌等。還可以用正常人大便懸液做成複方活菌製劑用來治療艱難梭菌引起的僞膜性腸炎，收到較好的效果。
4.益生元製劑
口服益生元製劑，亦可達到扶植正常菌羣的目的。如用乳醣扶植腸桿菌，用葉酸扶植腸球菌。應用半乳糖甙-果酸，受細菌分解後形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他細菌，而支援乳桿菌生長。
