補益資生丸的不良反應尚不明確，大量臨牀觀察未發現毒副作用。補益資生丸應在專業的醫生或藥師的指導下正確服用，以確保用藥安全。一般來說正確服用補益資生丸是不會上火的，如果服用補益資生丸上火了，一般停藥即可恢復，患者不需過於擔心。
1、忌食生冷油膩及不易消化食物。
2、不適用於腸結核腹瀉，主要表現爲午後低燒、盜汗、晨時腹瀉。
3、不適用於急性腸炎腹瀉，主要表現腹痛、水樣大便頻繁，或發燒。
4、哺乳期婦女慎用。
5、服本品時不宜同時服含有藜蘆、五靈脂、皂莢或其製劑，不宜喝茶和吃蘿蔔，以免影響藥效。
6、小兒用法用量，請諮詢醫師或藥師。
7、服藥三天症狀無改善，或出現其他症狀時，應立即停用併到醫院診治。
8、對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
9、本品性狀發生改變時禁止使用。
10、兒童必須在成人監護下使用。
11、請將本品放在兒童不能接觸的地方。
12、如正在使用其他藥品，使用本品前請諮詢醫師或藥師。
13、服用前應除去蠟皮、塑料球殼;本品可嚼服，也可分份吞服。
