真空儲存是百合儲存中最實用的方法，將鮮百合洗淨晾乾後用塑料袋將其裝起來，並用紙盒子裝着，然後放在冰箱冷藏可以儲存7-10天，冷凍可以儲存半年，如果放在地窖或者放在泥土下層進行土藏的話，可以儲存三個月到半年不等，當然，地窖儲存的時間會比土藏儲存時間要久。
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一般大家都會選擇用冰箱冷藏儲存，但是冷藏也要注意方法，不能就直接放進去，要將其放在碗中，用乾淨的清水將百合淹沒，然後放入冰箱2-6℃的冷藏層進行儲存，每天都要換一次水，這樣一般情況下可以儲存4-5天左右，如果放在零下的冷凍層儲存的話，大概可以儲存三個月。
其實生活中儲存百合最常見的方法就是曬乾後儲存，也就是人們經常看到的幹百合，具體方法是將鮮百合一瓣瓣剝下來，洗淨後減掉黑色的部分，然後放在太陽地下暴曬，曬乾後用紙袋裝起來放在通風透氣乾燥的地方即可，一般情況下，儲存半年到1年應該不成問題。只不過幹百合的口感會比鮮百合差很多。
新鮮百合怎麼儲存：地窖儲存
對於大數量的新鮮百合可以放在地窖裏儲存，由於地窖空氣稀少、溫度低，至少可以儲存三個月以上。地窖裏面的空氣稀少，減少了鮮百合的有氧呼吸以及消耗的能量。另外地窖裏面的溫度較室外要低很多，進一步降低了植物的有氧呼吸作用，兩者加起來足以使鮮百合儲存很長的時間。
百合商販常用水果保鮮劑儲存百合，選用對青黴有抑制效果的保鮮劑對百合進行儲存。用果蔬專用液體保鮮劑浸泡百合10分鐘左右，然後撈出，晾乾即可。
在運輸過程中要儲存新鮮百合的話，最好的方法當然是用冰塊或者乾冰來儲存，冰塊能保持溫度在0℃左右，而乾冰則可以保持溫度在-50℃以下，原理與冰箱類似，溫度越低儲存的效果越好。
