寨卡病毒引起人類和世界衛生組織重視的最主要原因是：孕婦感染後可能會導致新生兒小頭畸形。嚴重影響新生兒的健康。所以，目前，美洲、非洲等疫情嚴重的國家已經發布緊急避孕聲明瞭。
寨卡病毒其中一個危害就是寨卡病毒感染者可能會引起發燒和頭痛。感染寨卡病毒的患者可能會出現發燒和頭痛的症狀，並且持續時間大概是數日到一週。
結膜炎及我們常說的紅眼病，寨卡病毒感染的人，可能會出現結膜炎即紅眼病，引起眼睛疾病。是病毒擴散到眼球導致的。這種情況，需要及時住院治療。
寨卡病毒是有潛伏期的，現在還不明確寨卡病毒的潛伏期是多久，可能是數天。其中腱鞘囊腫是寨卡病毒感染的另一個危害。腱鞘囊腫是指發生於關節部腱鞘內的囊性腫物。囊內含有無色透明或橙色、淡黃色的濃稠黏液，囊壁爲緻密硬韌的纖維結締組織，囊腫以單房性爲多見。多發於腕背和足背部。發病部位可見一圓形腫塊，有輕微痠痛感，嚴重時會給患者造成一定的功能障礙。
寨卡病毒最明顯的危害應該是皮疹了，即感染了寨卡病毒的患者面板上會出現紅疙瘩，從被蚊蟲叮咬的部位往外擴散。患者應該引起警惕。
寨卡病毒還可能引發患者的關節和肌肉疼痛，這種情況比較少見。人們應該避免去蚊蟲密集的地方，減少蚊蟲的叮咬概率，如果發現被叮咬，應該及時去醫院進行病毒測試。預防寨卡病毒的感染。
寨卡病毒感染者還可能出現包括腹痛、噁心、嘔吐、黏膜潰瘍和麪板瘙癢的情況。病症通常較溫和，持續不到一週，需要住院治療的嚴重病情並不常見。
寨卡病毒感染者很少有重症和死亡的病例。少數人可能出現神經系統或自身免疫系統併發症。但也會出現極低概率的死亡。人類應該引起重視。
2015年巴西的寨卡暴發流行中發現了很多小頭畸形的新生兒(出生的新生兒頭圍與匹配的相同性別和孕齡的孩子比，低於平均值超過了兩個標準差)。
在2015年5月-2016年1月間，共報道4000例感染寨卡病毒的孕婦分娩了小頭畸形兒，與往年小頭畸形的比例相比，上升了20倍。
35例小頭畸形新生兒的頭顱CT及頭顱超聲提示存在瀰漫性腦組織鈣化，主要發生在側腦室旁，薄壁組織旁和丘腦區域、基底節區域。皮質和皮質下萎縮造成的腦室萎縮也能見到。小部分嬰兒出現關節攣縮，提示周圍和中樞神經系統受累。對寨卡疫情開展調查發現，越來越多的證據表明寨卡病毒與小頭症之間存有關聯。然而，在解釋嬰兒小頭症與寨卡病毒之間的關係之前仍需要做出更多調查。
