破壞生態平衡的因素有自然因素和人爲因素。自然因素如水災、旱災、地震、颱風、山崩、海嘯等。由自然因素引起的生態平衡破壞稱爲第一環境問題。由人爲因素引起的生態平衡破壞稱爲第二環境問題。人爲因素是造成生態平衡失調的主要原因。
使環境因素改變
如人類的生產和生活活動產生大量的廢氣、廢水、垃圾等，不斷排放到環境中；人類對自然資源不合理利用或掠奪性利用，例如盲目開荒、濫砍森林、水面過圍、草原超載等，都會使環境質量惡化，產生近.期或遠期效應，使生態平衡失調。
使生物種類改變
在生態系統中，盲目增加一個物種，有可能使生態平衡遭受破壞。例如美國於1929年開鑿的韋蘭運河，把內陸水系與海洋溝通，導致八目鰻進入內陸水系，使鱒魚年產量由2000萬公斤減至5000公斤，嚴重破壞了內陸水產資源。在一個生態系統減少一個物種也有可能使生態平衡遭到破壞。二十世紀五十年代中國曾大量捕殺過麻雀，致使一些地區蟲害嚴重。究其原因，就在於害蟲天敵麻雀被捕殺，害蟲失去了自然抑制因素所致。
對生物資訊系統的破壞
生物與生物之間彼此靠資訊聯繫才能保持其集羣性和正常的繁衍。人爲地向環境中施放某種物質，干擾或破壞了生物間的資訊聯繫，有可能使生態平衡失調或遭到破壞。例如自然界中有許多昆蟲靠分泌釋放性外激素引誘同種雄性成蟲交尾，如果人們向大氣中排放的污染物能與之發生化學反應，則雌蟲的性外激素就失去了引誘雄蟲的生理活性，結果勢必影響昆蟲交尾和繁殖，最後導致種羣數量下降甚至消失。
