小孩子患有腦炎可能與病毒感染有關，如蟲媒病毒、皰疹病毒、流行性腮腺病毒、巨細胞病毒、埃可病毒、脊髓灰質炎病毒以及麻疹病毒、黃熱病毒等，都有可能導致孩子發病，出現發熱、頭痛的情況。
除了病毒感染之外，真菌感染也會導致孩子發病，出現相應的不適。如曲黴菌、酵母菌、組織胞漿菌、孢子絲菌、念珠球菌等，都是此病的高危因素，需要重視，做好防治，減少危害。
孩子免疫力低也會增加腦炎的發病機率，主要是因爲免疫力低容易感染病菌，一旦某種病原菌侵入孩子體內，就會誘發疾病。所以說要想孩子遠離此病，就要幫助他們提高免疫力，減少不良危害，保障孩子的健康。
如果孩子患有某種寄生蟲病，在沒有完全徹底治癒的情況下，也會誘發腦炎。如腦血吸蟲病、惡性瘧疾、腦阿米巴病、旋線毛蟲病以及弓形體蟲病、腦錐蟲病等，都會繼發腦炎，導致孩子不適。
