蛋白質在人體內作用時會分解出很多的物質，包括對人有好處的，也有對人體不利的，比如：氨、酮酸以及尿素，這些物質都需要透過腎臟排出體外，而如果大量食用蛋白粉在無形中造成了腎臟的負擔，對人體會產生一定的副作用。如果它們在體內儲存時間過久，就會加重肝臟的負擔，影響正常的肝腎功能，造成免疫力低下。蛋白粉攝入過多的話還會引起消化不良，嚴重的話還會增加癌症和心臟病的患病機率。
在蛋白粉原料中嘌呤成分較多，如果攝入蛋白粉過量可能增加痛風的發病率。此外，蛋白質在人體內的分解產物較多，其中氨、酮酸及尿素等對人體會產生副作用，不僅增加肝臟負擔，還容易引起消化不良，甚至會影響肝腎功能，造成消瘦及免疫功能低下，所以特別提醒痛風、肝腎功能衰竭患者，更要限制蛋白質的攝入。
如果攝入過多的動物蛋白質，還將同時攝入過多的動物脂肪及膽固醇。同時，在正常情況下，人體不貯存蛋白質，過多攝入的蛋白質經脫氨基分解，產生氮由尿排出體外，這一過程需要大量水分，從而加重腎臟負擔，對於腎臟本來不好，或者各臟器已開始退化的老年人來說，會帶來更大的危害。另外過多的蛋白質攝入，不僅使人機體變胖，還能造成含硫氨基酸攝入過多，會加速骨骼中鈣的丟失，從而引起骨質疏鬆。
1、不要空腹服用，空腹吃，蛋白質粉會被作爲一般的“產熱食品”消耗掉，不僅浪費，還加重肝腎的代謝負擔。
2、加調味品要控制，糖和鹽都不能太多。
3、不要與酸性飲料一起吃。蘋果汁等飲料裏含有有機酸成分，與蛋白質粉混合後，會形成凝塊，影響消化吸收。
4、如服用的是乳清蛋白質粉，還要特別注意不可過度加熱;最好是溶於40℃以下的水、粥等食品中，也可作爲冷飲品食用。因爲乳清蛋白質粉含有許多具有特殊生理功能的活性物質(這也是它價格高的主因)，一旦受熱就會失去活性。
5、嬰幼兒不宜食用蛋白質粉，母乳餵養是首選，其次可選擇蛋白質含量在10%～20%的嬰幼兒奶粉。
6、肝臟疾病患者應適當增加蛋白質的攝入量，但對於肝昏迷、肝硬化晚期患者應慎用動物蛋白，可選擇富含支鏈氨基酸的植物蛋白。
