在吃白果前一定要去除外層的種皮和中間的胚芽，白果的種皮含有學界稱爲“銀杏毒素”的致敏原物質,極容易引起生物產生過敏反應(具體機理未完全明確),觸碰者可產生局部紅腫、脫皮等情況,甚者可導致過敏性休克。
白果的胚芽中可提取出一種含量較高的中性脂溶性物質,具有神經毒性作用,輕者可引起末梢神經過敏、麻痹,嚴重可致死。
在處理白果時可以將白果放在開水中汆燙一下，這樣外層的種皮就會自行脫落，至於中間的胚芽可以用牙籤挑出來。
白果不宜生吃，生白果中含有苦杏仁甙，遇水可分解出氫氰酸。氫氰酸的毒性極大，只要幾十毫克便能置人於死地。如果要吃生的白果、桃仁或杏仁，應先用熱水浸泡，多次換水，然後去皮去尖，煮熟或炒熟，則可使苦杏仁甙分解成無毒的東西，比較安全，但也不宜多吃。
預防白果中毒最重要的一點就是控制好量，白果在醫學上的用量是每次3g~9g。5歲的小孩食用白果每次不應超過5粒，成人每次不能超過30粒，否則會有中毒的危險。
