一般免疫力正常的人身上，毛囊炎通常是會自己慢慢痊癒的，一般說多是1-2周內就會好轉痊癒。少數嚴重的感染情況必須加以治療，醫師在治療上需要區分是細菌性毛囊炎還是黴菌性毛囊炎：
細菌性毛囊炎：輕微的細菌性毛囊炎會選用含有抗生素外用藥膏來進行治療，醫師可以視病人的感染情況，斟酌使用口服的抗生素來協助治療，同時也可以搭配去角質化與抑制發炎的外用藥劑，來協助緩解症狀與改善病情。
黴菌性毛囊炎：如果沒有使用能殺死黴菌的抗生素來進行治療，還可能還讓病情更加嚴重。目前透過口服、外用的抗黴菌藥物或清潔劑，例如洗髮精來進行治療。
毛囊炎預防方法
1、減少穿緊身衣、褲，造成面板過度摩擦而引起毛囊炎。
2、避免皮毛囊炎膚長期處於高溫、潮溼、密不通風、衛生不佳的環境，例如長時間戴手套工作。
3、洗頭時不要過度用力抓扯、刮鬚子時避免刮傷，尤其避免過度拉扯到面板。
4、建立良好的衛生習慣，保持面板的清潔。
5、依照自己的膚況選擇適合的保養品，避免使用過度油膩的乳液、防曬產品，頭部產品如髮膠、髮蠟使用後也要適度地清潔，減少毛囊阻塞發炎的機會。
6、洗三溫暖、溫水游泳池或泡溫泉等活動時，需注意環境是否乾淨。
補充足夠的維生素，多吃蔬菜水果，並避免食用過於辛辣油膩的刺激性食物。
適度清潔，若在醫師評估後認爲有需要可選用具有殺菌效果的肥皂或沐浴乳。
定期以熱水清洗貼身衣物及毛巾、牀單，可以避免貼身用品因長期未清潔而孳生細菌。
容易有毛囊炎的族羣，不要穿着過於緊貼的衣物，降低衣物摩擦面板的機會，並選用透氣的材質，讓面板維持在清爽乾燥的狀態下，就可避免毛囊炎復發。
假性毛囊炎的病人(容易出現毛髮倒插的特殊族羣)，建議不要過於頻繁的除毛、減少刮鬍子的頻率、依照毛髮生長的方向來刮除以減少刮傷面板的機會，並要定期更換除毛的工具。
生活作息規律，避免熬夜，維持良好的睡眠品質，注重自我壓力調適，保持心情愉悅，以根絕毛囊炎復發。
