結膜炎的病因比較複雜，一般分爲感染性和非感染性兩大類，主要表現爲輕度的結膜充血及少量的粘液性分泌物，感染性的常見病原體包括葡萄球菌、卡他球菌、大腸桿菌、腸道病毒等等，非感染性的因素有粉塵主化學煙霧刺激、眼部長期應用有刺激性的藥物、強光、屈光不正、菸酒過度、睡眠不足等引起。
大多數新生兒結膜炎都是屬於感染性的，新生兒免疫力低下，對病菌的抵抗力太弱，以至那些對成人和大一些兒童不會致病的細菌，也可能讓他們遭受感染。
1、新生兒淚腺尚未發育完善，因而眼淚較少，不易將侵入的病菌沖洗掉，而使它們在眼部繁殖發生結膜炎。
2、出生後由於母親手指、毛巾污染也有可能使新生兒感染結膜炎。
3、出生時，嬰兒的頭部要經過媽媽的子宮頸和陰道，眼部很容易因這些部位有病菌污染而被感染。如媽媽陰道的衣原體檢查爲陽性，從陰道分娩的嬰兒70%都可能被感染，其中18%--50%會發生“新生兒衣原體結膜炎”。
4、如果胎膜早破，嬰兒在宮內就可能受到感染，如淋 球菌感染，在生產後即有眼炎的症狀。
