應該爲患兒做仔細的全身檢查，注意消毒隔離。
可使用轉移因子、匹多莫德等，以增強免疫力。
抗病毒藥物，干擾素注射。
冷凍、激光或手術治療。亦可外用藥物如5%咪喹莫特霜。傳統的冷凍、激光等療法雖可治療兒童尖銳溼疣，但這些療法複發率高，且常因治療痛苦大，患兒不易配合，療後出現的的創傷、感染、瘢痕、畸形等不良反應。
心理調理
如果是性虐待或是性暴力導致的，要對兒童進行心理的輔導。
經治療，大多數病例疣體可在幾個月內消退。由於尖銳溼疣複發率很高，因此只有堅持正確、系統的治療，才能有效控制尖銳溼疣的亞臨牀感染和隱性感染，減少或根除復發。
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