羊水穿刺的結果更準確。
羊水穿刺對胎兒的染色體檢查是診斷技術，可以發現胎兒染色體數目和明顯的結構異常;而無創dan檢測是高精確性篩查技術，提供的胎兒染色體資訊有限。所以，羊水穿刺檢查更準確，無創dna檢測是不能取代羊水穿刺對胎兒染色體檢查的。
1、檢測方法不同
羊水穿刺：是經腹壁穿刺抽取羊水後，培養羊水細胞，收穫羊水細胞，製備染色體，進而在顯微鏡下分析胎兒染色體核型。
無創dna：是透過採集孕婦外周血(10ml)，提取遊離DNA進行檢測。
2、檢測內容不同
羊水穿刺：能一次檢測46條染色體，不但數目異常，>10M的結構異常也能檢出。另外還能進行基因芯片及單基因疾病檢測，並且瞭解胎兒的發育情況。另外，羊水穿刺檢查是目前關於染色體方面檢測範圍最廣，準確性最高的產前診斷技術之一。
無創dna：目前只針對21、18、13三體等染色體檢查的準確性高，性染色體準確性稍低，其他染色體準確性有限(其他染色體異常往往也表現成唐篩高風險)。但無創的檢測範圍已覆蓋了常見的染色體非整倍體疾病。
3、檢測結果不同
羊水穿刺：是一種診斷技術，可以發現胎兒染色體數目和明顯的結構異常。
無創dna：是高精確性的篩查技術，並非診斷手段。假如無創DNA產前檢測結果爲陽性，還需做羊水穿刺明確診斷。
4、檢測風險不同
羊水穿刺：屬於有創性產檢方法，存在着0.5%流產、感染的風險，極個別的會細胞培養失敗，須改做其他檢查或重新穿刺。
無創dna：無創、安全、方便是無創dna產前檢測最大的優勢，且準確性高達99%以上。
5、檢測時間不同
羊水穿刺：最佳檢查時間爲16-20周，孕後期也可以檢查，只是風險性會更高。
無創dna：檢查時間比較早，孕12周就可以開始檢查了，且持續時間也比較長，可到孕20周+6天。後期也是可以檢查的，準確率會有所降低。
經濟實惠型：唐氏篩查 → 無創DNA → 羊水穿刺
先做唐氏篩查：高風險或伴發其他危險因素再行無創或者羊水穿刺，此組合費用低，安全，因爲無創的加入，羊水穿刺的孕媽數量會大幅減少。但此組合會漏掉約10%的唐氏患兒
適合：無高危因素普通年輕孕媽，勤儉持家型。
奢華型：無創DNA → 羊水穿刺
不做唐氏篩查直接做無創DNA，無創高風險或伴發其他危險因素再行羊水穿刺，因爲無創的直接應用，此組合費用高，檢出率高，能檢出99%唐氏患兒。此組合的瑕疵是會漏掉極少數的染色體結構異常患兒。
適合無高危因素普通孕媽，奢華小資型。
精確型：高危因素 → 羊水穿刺
此組合檢出率最高，能檢測出所有染色體的數目異常，如加做SNP基因芯片能檢出染色體微缺失、微重複、雜合性缺失及單親二倍體。
特別適合那些有過異常生育史、家族史及伴發其他高危因素的孕媽。
