子宮內膜異位症手術以腹腔鏡爲首選，具體手術需要怎麼做，主要根據病人的症狀及疼痛的情況、病竈的大小範圍、既往是否做過手術及治療的情況，還有病人是否有生育需求來決定。
手術分單純病竈切除手術、全子宮及雙附件切除手術、單純性子宮切除手術及盆底神經的阻斷手術四種。單純病竈切除術適合年齡比較小，有生育需求的病人，這時候在腹腔鏡下將肉眼可見的病竈儘可能去除。全子宮加雙附件時和年齡較大，沒有生育需求的女性。單純子宮切除術適合年輕，希望保留卵巢功能，但是沒有生育需求的女性。盆底神經阻斷手術，目前應用已經比較少，術後效果不是特別好。
子宮內膜異位症手術治療需要8000元左右，若是做腹腔鏡下的微創手術治療，大約需要15000元左右。
子宮內膜異位症是內膜異位到子宮肌層內，被稱爲子宮腺肌症，異位到卵巢又叫卵巢巧克力囊腫。當女性發生子宮內膜異位症後，月經期時會出現繼發性進行性痛經，在此期間應注意適當休息，可以給予止痛片進行緩解，如果是疼痛較嚴重或者藥物治療效果不好，需要給予手術切除，若是卵巢的巧克力囊腫切除後，容易導致復發。
子宮腺肌症是沒有腺肌瘤，需要給予子宮次全切除或者全切術手術治療，是能夠治癒的。
除了根治性手術(子宮切除)外，子宮內膜異位症的複發率是非常高的，其複發率和病情的輕重、治療方法、隨訪時間長短等等都有關係。
重症患者複發率是高於輕症患者的，也就是說病情越重，復發越多、復發越快，年複發率在5%到20%之間，五年的累計複發率爲40%。使用促性腺激素釋放激素激動劑治療後，輕症患者複發率爲37%，重症患者爲74%。
單純藥物治療後複發率是高於手術治療的，術後應用孕激素並不能減少複發率。根治性手術後雌激素的替代治療並不會明顯增加復發危險。
