引起男性患有附睾炎的病原體(如大腸桿菌)可直接對附睾管中的精子造成直接的損害，抑制精子的活動度或是使得精子發生凝集，以降低其活動的能力;有的病原體則吸附於精子表面，使其活動力降低甚至喪失。
由淋球菌、結核桿菌等病原體感染引起的附睾炎，若是久治不愈，不僅會發生炎症反應而損害精子，而且極易引起附睾管腔的縮小或堵塞，導致近附睾端不完全性或完全性輸精管梗阻。
附睾炎患者經常會出現一些不良的現象，全身無力，精神比較疲憊，如果長時間不去治療的話會給男性帶來更大的危害和麻煩，如精損腎虧、元氣耗損，甚至提前衰老。
附睾炎如果長期不治療會誘發各種嚴重疾病，如精索靜脈曲張、前列腺炎、內分泌疾病、腎炎等腎臟疾病、泌尿感染疾病，嚴重時可導致惡性腫瘤，嚴重威脅生命。
